Einen der wichtigsten Schwerpunkte der MAK Sammlung Möbel und Holzarbeiten bilden die Möbel des Barock und Rokoko. Stühle, Tische, Schränke und ganze Raumausstattungen aus der Zeit des Absolutismus finden sich in den für diese Epoche typischen schmuckreichen und prunkvollen Formen in der Sammlung wieder.
Zu den besonders sehenswerten Exponaten zählen die in der Schausammlung präsentierten, in den 1770er Jahren von David Roentgen für den Generalgouverneur der Österreichischen Niederlande, Prinz Karl Alexander von Lothringen, in Brüssel angefertigten Möbel und Marketerietafeln. Sie gelten als Glanzpunkte deutscher Kunsttischlerei.

Die Sammlung beinhaltet ein großes Konvolut an Möbeln des Empire und Biedermeier sowie des Historismus und Jugendstils, die jeweils durch herausragende Beispiele vertreten sind. Eine zentrale Etappe der Designgeschichte zeichnet die herausragende Kollektion von Bugholzmöbeln nach, anhand derer ein Überblick über die Möbelproduktion der Firma Thonet sowie jener der Konkurrenzfirmen von den Dreißigerjahren des 19. bis in die Dreißigerjahre des 20. Jahrhunderts zu gewinnen ist. Während des Zweiten Weltkriegs kamen bedeutende historische Bestände der MAK Sammlung Möbel und Holzarbeiten abhanden: Fast ein Drittel der Möbelsammlung wurde durch Kriegseinwirkung zerstört. Nach Kriegsende bemühte sich das Museum intensiv um den Wiederaufbau der Möbelabteilung. Mit neuen Ankäufen wurde der Versuch unternommen, repräsentative Beispiele der Wiener Werkstätte und der Periode zwischen den Kriegen zu akquirieren. Die MAK Möbelsammlung der Wiener Moderne zählt zu den bedeutendsten weltweit. Sie umfasst u. a. Möbel von Otto Wagner, Josef Hoffmann, Koloman Moser, Adolf Loos sowie Dagobert Peche und Josef Frank.

Im 20. Jahrhundert hat sich die Ordnung der Sammlung von der Material-Klassifizierung zu einer typologischen Klassifizierung gewandelt: Längst umfasst die Möbelsammlung nicht mehr nur Objekte aus Holz, sondern auch Möbel aus Stahlrohr, Kunststoff, Karton oder Textilien.

Diese historischen Bestände werden durch eine aktive Sammeltätigkeit ergänzt, die sich vermehrt auch der zeitgenössischen Möbelproduktion widmet. Dabei hat sich als neuer Sammlungsschwerpunkt der Grenzbereich von Kunst, Architektur und Möbeldesign herausgebildet. Zeitgenössische Erwerbungen von namhaften internationalen Designer*innen und Architekt*innen wie Matali Crasset und Jerszy Seymour markieren dabei neue Positionen experimentellen Möbeldesigns.